Sau cơn bão tàn phá miền Trung vào năm 1985, với tư cách Giám đốc sở Thủy sản tỉnh Bình Trị Thiên, ông vận động hàng ngàn ngư dân vạn chài lên bờ sinh sống để tránh các thiên tai khôn lường ở vùng đầm phá Tam Giang. Để giúp các hộ dân này xây dựng cuộc sống mới, ông đã lặn lội tìm tòi và mang về đây nghề nuôi tôm sú. Cả một vùng quê mới trở nên trù phú nhờ nghề nuôi tôm này. Sau khi ông mất đi, tưởng nhớ đóng góp của ông, người dân nơi đây đã xây đền thờ ông. Tôn ông làm ông tổ nghề nuôi tôm, làm Thần hoàng làng. Từ đó bắt đầu có hàng loạt bài báo, phim tài liệu về câu chuyện cảm động này. Năm 2003, nhà nước CHXHCN Việt nam truy tặng Ông danh hiệu Anh hùng Lao động thời kỷ Đổi mới.

Trong bài viết "Miếu thờ ông giám đốc" của Nguyễn Quang Vinh trên báo Lao động có lời mở đầu như sau:

Người ta nói ngày xưa những người có công lao lớn với dân, công lao thực sự, không dựa vào một thế lực ủng hộ nào, uy thế nào, chỉ bằng tấm lòng và công sức, thường được dân lập miếu thờ sau khi người đó qua đời. Rồi sau đó triều đình mới căn cứ vào sự đánh giá của dân mà sắc phong thành... THẦN.

Nhưng đây là chuyện một ông giám đốc sở được lập miếu thờ vì thành tích giúp dân chuyển đổi lối làm ăn, xoá nghèo cho cả chục vạn dân bằng nghề nuôi tôm thì đúng như lời người dân, là chuyện "e hiếm, e ít có, e... không có". Thế mà vẫn có đấy! Câu chuyện cảm động đến... không dám so sánh ông Phương với các giám đốc khác của chúng ta hiện nay (!). Tôi nghĩ nếu có chuyện "hậu sắc phong" thì cũng quý. Còn nếu không thì với người dân vạn đò vùng phá Tam Giang, ông Phương đã hoá THẦN rồi!

Thể theo tâm nguyện của cán bộ và nhân dân xã Quảng Công, UBND huyện Quảng Điền đã có quyết định đổi tên Trường THCS Quảng Công thành Trường THCS Phan Thế Phương. Một tấm bia tưởng niệm ghi lại công đức của Phan Thế Phương cũng sẽ được dựng trang trọng giữa sân trường. Xã cũng đang dự định quy hoạch, xây dựng lại ngôi miếu thờ.[2]. Vào ngày 27 tháng 10 năm 2013, lễ tuyên bố đổi tên và khánh thành cổng mới trường THCS Phan Thế Phương[3] đã được tiến hành trọng thể tại cổng trường.